Στις 2 Μαρτίου 1913, κατά τη διάρκεια του Α’ Βαλκανικού Πολέμου, ο ελληνικός στρατός απελευθέρωσε επίσημα τη Σάμο, τερματίζοντας την οθωμανική κυριαρχία. Η ενσωμάτωση στο ελληνικό κράτος επισφραγίστηκε μετά από πρωτοβουλίες των τοπικών αρχών και την αποχώρηση των τουρκικών στρατευμάτων, ενισχύοντας την ελληνική παρουσία στο Αιγαίο.
Μοίρα του ελληνικού στόλου αποτελούμενη από το θωρηκτό Σπέτσαι, τα αντιτορπιλικά Νίκη και Βέλος και το επίτακτο οχηματαγωγό Θεσσαλία καταπλέουν στη Σάμο, η οποία υπό την ηγεσία του Θεμιστοκλή Σοφούλη (1860-1949) ήδη προ της ενάρξεως του α’ Βαλκανικού Πολέμου είχε επαναστατήσει κατά του τοπικού ηγεμόνα και της υποτέλειας στην Τουρκία, κηρύσσοντας στις 10/11/1912 την ένωση του νησιού με την Ελλάδα.
Το πρωί της 2/3/1913 αποβιβάζεται στο νησί το πρώτο αποβατικό άγημα με επικεφαλής τον υποπλοίαρχο Πλατσούκα του θωρηκτού Σπέτσαι και ακολουθεί η αποβίβαση και των υπολοίπων στρατιωτικών δυνάμεων.
Η Σάμος από το 1832 είχε αναγνωρισθεί από την «Υψηλή Πύλη» ως ηγεμονία η οποία θα ήταν υποτελής στο σουλτάνο. Αυτό της επέτρεψε να αναπτυχθεί ιδιαίτερα στις αρχές του 19ου αιώνα, όπου απέκτησε αμπελουργία, καπνοκαλλιέργεια, καπνοβιομηχανία και βυρσοδεψία. Μπαίνοντας στην Ελλάδα ακολούθησε ανοδική οικονομική πορεία μέχρι την έναρξη του Δευτέρου παγκοσμίου πολέμου, από κει και πέρα άρχισε η οικονομική πτώση, για να φτάσουμε στο σήμερα. Στη Σάμο την περίοδο της ακμής της φτιάχτηκαν τα περισσότερα δημόσια έργα, δημόσια και ιδιωτικά κτίρια, ενώ αναδιοργανώθηκε η παιδεία και το εμπόριο.
Η κατάργηση της ηγεμονίας ξεκίνησε τον Σεπτέμβριο του 1912 με το επαναστατικό κίνημα υπό την ηγεσία του Θεμιστοκλή Σοφούλη. Τον Νοέμβριο του 1912 οι Σαμιώτες κήρυξαν την ένωση της Σάμου με την Ελλάδα, κάτι που εντέλει έγινε στις 3 Μαρτίου του 1913 με την κατάληψη του νησιού από τον Ελληνικό στόλο. Μέχρι την ενσωμάτωσή της στην Ελλάδα, η Σάμος διοικήθηκε από προσωρινή κυβέρνηση έως το 1914 με πρόεδρο τον Θεμιστοκλή Σοφούλη.
