Ήταν 26 Σεπτεμβρίου του 2000 όταν το πλοίο Σαμίνα έφευγε από τον Πειραιά με τελικό προορισμό την Σάμο και την Ικαρία, ενδιάμεσοι σταθμοί η Πάρος και Νάξος. Εκείνη την αποφράδα μέρα ουσιαστικά ήταν το τελευταίο ταξίδι του Πλοίου, που θα παρέσερνε στον θάνατο 81 συνανθρώπους μας, μέσα σε αυτούς, πολλοί συμπατριώτες μας.

Το εξπρές Σαμίνα το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου αναχωρεί από τον λιμένα του Πειραιά με 533 άτομα, από τα οποία τα 472 ήταν επιβάτες και τα υπόλοιπα 61 το πλήρωμα. Περί ώρα 22.12 ενώ το πλοίο πλησιάζει να προσεγγίσει τον λιμένα της Παροικιάς (πρωτεύουσα-χώρα) της Πάρου, με ανέμους 8 μποφόρ, 2 μίλια ανοικτά της Πάρου, προσκρούει με ταχύτητα 18 κόμβων, στις νησίδες «Πόρτες Πάρου» με συνέπεια το πλοίο να υποστεί ρήγμα στα δεξιά ύφαλα του, μήκους περίπου τριών μέτρων, στη βάση του δεξιού πτερυγίου ευστάθειας, το νερό να κατακλύσει το μηχανοστάσιο του πλοίου, παίρνοντας γρήγορα κλίση προς τα δεξιά και μετά 25 λεπτά να βυθιστεί.
Μεγάλος πανικός προκλήθηκε στους επιβαίνοντες λόγω της συσκότισης που προκλήθηκε στο πλοίο από ηλεκτρική βλάβη καθώς δεν λειτούργησε ούτε η εφεδρική ηλεκτρογεννήτρια (emergency generator) αλλά και από την απουσία ειδοποίησης της σειρήνας έκτακτης ανάγκης αλλά και της σχετικής ενημέρωσης από τα φορητά μεγάφωνα του πλοίου, με πολλούς από αυτούς να πηδούν στη θάλασσα.

Αρχικά το περιστατικό στο θάλαμο επιχειρήσεων του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας (ΥΕΝ) δεν εμπνέει κάποια ανησυχία παρ’ ότι διαφορετική εικόνα έδιναν οι επιβαίνοντες, επικοινωνώντας μέσω κινητών τηλεφώνων με τηλεοπτικούς σταθμούς. Μετά από αρκετή ώρα το Λιμεναρχείο Πάρου διατάσσει όλα τα παραπλέοντα σκάφη να σπεύσουν στον τόπο του ναυαγίου με πρώτους να φτάνουν στο σημείο του ναυαγίου οι ψαράδες, ενώ στην συνέχεια και σκάφη του Λιμενικού και βρετανικά πολεμικά που συμμετείχαν σε άσκηση του ΝΑΤΟ. Μέρος των διασωθέντων μεταφέρθηκαν στο Κέντρο Υγείας της Πάρου.
Ο λιμενάρχης Πάρου, Δημήτρης Μάλαμας, έχασε τη ζωή του το ίδιο βράδυ από το άγχος και την πίεση κατά τη διάρκεια της επιχείρησης για τη διάσωση των ναυαγών.
Καταγγελίες λίγες μέρες πριν το δυστύχημα
Στο πλοίο είχαν διενεργηθεί ύστερα από καταγγελίες του ΑΒ’ Μηχανικού, Αναστάσιο Σορόκα, δύο έκτακτες επιθεωρήσεις, μία στις 21 Σεπτεμβρίου του 2000 και άλλη μια στις 26 του ίδιου μήνα από τους επιθεωρητές του ΚΕΕΠ (Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων), λίγες ώρες δηλαδή πριν το πλοίο βυθιστεί. Ο Αναστάσιος Σορόκας, υπήρξε μέλος του πληρώματος ως τις 19 Σεπτεμβρίου στο «Σάμινα» οποίος παραιτήθηκε υποστηρίζοντας ότι το πλοίο ήταν αναξιόπλοο, καταγγέλλοντας την άσχημη κατάσταση μηχανών, παλαιότητα και έλλειψη συντήρησης των τεσσάρων ηλεκτρομηχανών, την προβληματική λειτουργία των συστημάτων καθέλκυσης των λέμβων, την ανεπαρκή συντήρηση της εφεδρικής ηλεκτρογεννήτριας ανάγκης, την προβληματική λειτουργία χειριστηρίων που μπλόκαραν μεταξύ μηχανής και γέφυρας και την ανεπάρκεια των υδατοστεγών θυρών σε περίπτωση που ένα τμήμα του πλοίου κατακλυζόταν με νερά όπως και έγινε.
Κατά τη διάρκεια του πρώτου ελέγχου στις 21 του ίδιου μήνα, οι επιθεωρητές δεν βρήκαν κάποιο πρόβλημα στο οχηματαγωγό. Ο μηχανικός Αναστάσιος Σορόκας όμως προχώρησε σε εκ νέου καταγγελία αναγκάζοντας τους επιθεωρητές σε επανέλεγχο του πλοίου. Στον δεύτερο έλεγχο πάλι δεν διαπιστώθηκε κανένα απολύτως πρόβλημα. Έτσι, το πλοίο εφοδιάστηκε με πιστοποιητικό ασφαλείας και στις 5 το απόγευμα απέπλευσε από τον Πειραιά για το μοιραίο ταξίδι του.
O τέως πρόεδρος της ΠΕΜΕΝ Γ. Τούσσας είχε αναφέρει πως το Σάμινα δεν διέθετε Πιστοποιητικό Ασφάλειας. Η ισχύς του Πιστοποιητικού Ασφαλείας, που είχε εκδοθεί από τον ΚΕΕΠ είχε λήξει στις 17 Αυγούστου του 2000 και ταξίδευε με προσωρινό πιστοποιητικό του Διεθνούς Κώδικα Ασφαλούς Διαχείρισης για την ασφαλή λειτουργία των Πλοίων (International Safety Management Code) το οποίο έληγε στις 22 Σεπτεμβρίου και την ίδια μέρα ο ΚΕΕΠ παρέτεινε την ισχύ του Πιστοποιητικού μέχρι και τις 20 Νοέμβριου του 2000.
Αυτοκτονία Παντελή Σφηνιά
Ο 55χρόνος εφοπλιστής-αντιπρόεδρος-διευθύνων σύμβουλος της Μinoan Flying Dolphins και πρόεδρος της Ένωσης Εφοπλιστών Ακτοπλοΐας (ΕΕΑ), Παντελής Σφηνιάς, μη αντέχοντας το βάρος της τραγωδίας και της πίεσης που του ασκήθηκε έδωσε τέλος στη ζωή του το πρωί της 29ης Νοεμβρίου του 2000 πέφτοντας από τον έκτο όροφο του κτιρίου της εταιρείας στην Ακτή Κονδύλη στον Πειραιά. Σύμφωνα με τις τοξικολογικές εξετάσεις που υπέγραψε ο Ιατροδικαστής Πειραιά Νικόλαος Kαλόγριας, ο Π. Σφηνιάς ήταν σε κατάσταση βαριάς μέθης ενώ είχε κάνει και χρήση αντικαταθλιπτικού φαρμάκου κατά την διάρκεια της αυτοκτονίας.
Στη διάρκεια της κοινής συνέντευξης Τύπου στη Βουδαπέστη με τον τότε πρωθυπουργό της Ουγγαρίας Βίκτορ Όρμπαν, ο πρωθυπουργός Κώστας Σημίτης εξέφρασε τη λύπη του για το θάνατο του εφοπλιστή, δηλώνοντας: «Μόλις πληροφορήθηκα αυτό το γεγονός. Κάθε θάνατος, κάθε αυτοκτονία είναι ένα θλιβερό γεγονός και θέλω να εκφράσω τη λύπη μου για αυτό». Επίσης τη θλίψη του για το θάνατο του εκλιπόντος εξέφρασε και ο Υπουργός Εμπορικής Ναυτιλίας, Χρήστος Παπουτσής στέλνοντας συλλυπητήρια προς την οικογένειά του.